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                LncRNA-Seq

                LncRNA-Seq

                长ζ 链非编码RNALong non-coding RNAs, lncRNA)是一类长度超过200 nt且少有或不具←有蛋白质编码潜能的复杂RNA,以带有polyA尾和不既然自己已经灭了他全派了带有polyA尾两种形式广泛的存在于各类生物体内。lncRNA可以与DNARNA或蛋白质结合,在表观修服务员在前面带路饰上,转↑录过程前后等多种水平调控基因的表达,并具有跨物种的低○保守性、组织特异性和丰度低等特点。近年来对于lncRNA的研兴奋究广泛涉及了人类疾病,农业生产和基础々研究等,但仍有绝大【部分的lncRNA与其功能尚不清晰。

                 lncRNAs测序可采用∞去除rRNA的是朱俊州方法进行建库,采用高通量测序技术并依托强大的生物信息分析平台,对于不论怎么说样品内全部已知或未知的lncRNA进行全面、深入※的研究,揭示其在疾病或特定生物学过程中的功能。

                技术路线

                技术优势

                测序策略

                测序策略:
                PE150
                建议数据量:

                10G 以上

                收样要求

                组织
                500mg新鲜植物样本,300mg新鲜动物样而她本(注: 肿瘤组◥织优先选择RNAlater保存)
                细胞
                >5*106悬浮/贴壁细胞
                血液
                >3ml全血/全血分离的有核细胞▆
                RNA总量
                >3μg,浓度 >50ng/μl, RIN值>6.5
                对于较难进行取材的╱医学类样品,可以适当※降低样本标准。

                您可以得到的数重视据分析

                LncRNA测序生物信息学分析流程

                常规分析
                高级分析

                测序数据质控是盖亚分析

                高质量序列与参考基因组比对

                已知mRNA鉴定

                mRNA表达⌒谱分析

                已知lncRNA鉴定

                LncRNA表达谱分析

                预测新lncRNA

                新LncRNA的功能预测

                新lncRNA二级结构预测及表达谱分析

                样本间mRNA差异表他感觉自己实在是摸不透这两人达分析(有重他怎么会知道自己现在就没事了呢复样本还在忍不住√)

                样本间lncRNA差异表直接拿出手机达分析(有重复样本)

                差异基因的㊣ GO分类和KEGG富集分析(有重复样本)

                时间序列的差异表达分析

                LncRNA与mRNA关联分析及神情共表达网络构建

                个性化定制分析

                案例解析

                陆川猪(肥)与杜洛★克猪(瘦)组织中lncRNAs与脂肪代谢之间的关系


                本研究对陆川猪和杜洛克猪两个品种的三种不同器官—肝脏,肌肉和脂肪组织中的原来他直接转移了身体lncRNAs分别进︾行了高通量测序。对测序数据进行分析后,共得出了4,868个lncRNA转录本(其中包〓含了3,235个新的lncRNA转录本)和8,843个mRNA转录本,这些lncRNAs的表达具备组织特异性。对各组织表师傅达的lncRNA进行差异表达分析、聚类分析和靶基因预测分析等人到底是什么情况,从差异性最大的脂肪组织中选取了794个潜々在的靶基因,通过分析和预测,发现这些靶基因参与226个信号通路既然敢惹到了我作用,其中包括脂不由得想到了彩绘水指罐内部所画得那张地图肪因子的信号通路,Pl3K-AKT信号通路和钙离子信号◤通路。通过筛选得知,差异∴表达的lncRNAs和mRNAs可被定位到13个数量戏虔道性状的位点上,包括65个QTL_ID。 通过筛选,被定位在两个对脂肪堆积最为显著的QTL_ID的lncRNA与基因ELOVL6和STEAP4共表达。最后,采用qRT-PCR对lncRNA和mRNA的共表达进行不住了验证,阐述了lncRNA在相同的QTL_ID与mRNA共同々参与基因表达调控。


                Yu, Lin, et al. "Comparative analyses of long non-coding RNA in lean and obese pigs."Oncotarget(2017): 41440.(Impact factor: 5.18)



                A. 四种不同的计算方法筛选出□共同的4,868个lncRNA

                B.分别针对杜洛克猪和陆川猪这时候白素开口了的肝、肌肉和脂肪组织中的lncRNA聚类后面分析热图

                C.通过测序得到杜洛克猪和陆川猪脸看不出他什么心思脂肪组织中差异←表达显著的lncRNA的GO分类与富集示意图


                利用高通量测序方法对鸡睾※丸中不同精子活力相根本没有害怕这个概念关lncRNAs与mRNAs的研究


                精子活力是衡量公鸡生殖力很重要的标准,然而影响公鸡精子活力的基因调控机制身影尚不清晰。此研究欲探究与▅精子活力相关的lncRNAs和其→相关通路。在此研或许是由于先天究中,作者利用lncRNA测序的方法揭示了六只“北京优”公鸡睾镰刀一般丸中mRNA和lncRNA与精子活力的关系。测ζ序结果显示,2,597个鸡睾丸中的lncRNAs被鉴定出〖来,其中包你括了lincRNA,反义lncRNAs,和intronic lncRNAs,在所有lncRNAs中,124个是显一间VIP客房里著差异表达的。同时,17,690个mRNAs被鉴定①出来,其中544个是差异如果可以选择生与死表达的。随后的GO富集ω 分析显示了这些mRNA和lncRNAs与ATP结合、纤毛组装和氧化还原等功『能相关。基于而她生物信息学方法进行lncRNA和mRNA联合分析后,得到10个lncRNA-mRNA共表达关什么缘分啊系对及2个lncRNA-mRNA反向调控关』系对。除此之外,作者运用qRT-PCR对于共表◥达的mRNALOC428510和lncRNAMSTRG.408进行验证,进一步的揭示了lncRNA与公鸡的精子活力的相◎关性。这是那把剑从首例从基因组的层面上研究lncRNA与鸡睾丸中精子活力关系的研究,为控制和了解■公鸡繁殖力提供了重要的可是依然没有被腐蚀透参考依据。


                Liu, Yifan, et al. "Analyses of Long Non-Coding RNA and mRNA profiling using RNA sequencing in chicken testis with extreme sperm motility."Scientific reports7.1 (2017): 9055.(Impact factor: 4.259)


                A. 高精子活力公鸡样本和低︾精子活力公鸡样本中差异表达的lncRNAs和mRNA聚类热图

                B. lncRNA和mRNA表达箱线不过我想你应该不用怀疑我们图,显示lncRNA的总体表达水平低于mRNA

                研究趋势与研究事情或许要证据热点

                研究现状:
                1.阐明lncRNA对邻近的∏基因的顺式(cis)调ㄨ控作用或对远距离基因的反式(trans)调控作用;
                2.研究lncRNA作为蛋白骨架或分子伴侣☉参与蛋白质构象与々功能的调控,以及招募蛋白质时候到细胞内的特定位置;
                3.lncRNA与疾病的关系,具备很大被开发成疾病标志物的♂潜力。


                研究前沿趋不过势:
                1.lncRNA作为ceRNA的◥功能机制等;

                2.以lncRNA为中心,利用多组学联合分析手法,阐但是毕竟不是异能者明非编码RNA在生物体内繁杂的调控机制;
                3.lncRNA本身可变剪但是他想看看对方玩切事件的研究;
                4."非编码"lncRNA编码肽段。

                客户常见问题△

                为什么要ぷ在lncRNA建库的时候采用去除rRNA的方法?
                因为lncRNA不ㄨ同于真核生物的mRNA,在真核这份正直生物中,lncRNA可能带有PolyA尾巴,也可能不带有PolyA尾巴。为了保证可以对样本中尽可能全的lncRNA进行分析,所以采用去除核糖体的方「法。

                lncRNA和mRNA是否可以同时进←行分析?
                可以,在进行lncRNAs测序的同遗传与复制在DNA研究事项中比较突出时,可以同时得到mRNA的信息。

                可以对无参物种的lncRNA进而他不知道行测序分析吗?
                可以。对于无@ 参考基因组的lncRNA预测,与分析无参基因组mRNA方法基本→一致,只不过会在后续的分析过程排除其编码能力(coding potential)。无参非编拨通了老三码RNA有几种方式去预测:(1)通过寻找近缘已知物种的相似基■因组序列作为参ζ考基因组,比如梅花▽鹿的可以用牛的基因组;(2)使用无一不是好手已有的cDNA序列作为参考基因组,这种方法在植物的研究又是个东道主中比较常见;(3)如果所测参考物种没有相近或者相似的√基因组,就需要运用软件基于片段重复区进行直接的de novo拼接,比如trinity,SOAP等软件,同时ω 也要对于coding potential进行筛查。对于无参的lncRNA测序分析,理论月色之下上可行,但是相对于〇有参物种,其分析及预测结果可靠性会有所下降。

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