• <tr id='LH3q7Q'><strong id='LH3q7Q'></strong><small id='LH3q7Q'></small><button id='LH3q7Q'></button><li id='LH3q7Q'><noscript id='LH3q7Q'><big id='LH3q7Q'></big><dt id='LH3q7Q'></dt></noscript></li></tr><ol id='LH3q7Q'><option id='LH3q7Q'><table id='LH3q7Q'><blockquote id='LH3q7Q'><tbody id='LH3q7Q'></tbody></blockquote></table></option></ol><u id='LH3q7Q'></u><kbd id='LH3q7Q'><kbd id='LH3q7Q'></kbd></kbd>

    <code id='LH3q7Q'><strong id='LH3q7Q'></strong></code>

    <fieldset id='LH3q7Q'></fieldset>
          <span id='LH3q7Q'></span>

              <ins id='LH3q7Q'></ins>
              <acronym id='LH3q7Q'><em id='LH3q7Q'></em><td id='LH3q7Q'><div id='LH3q7Q'></div></td></acronym><address id='LH3q7Q'><big id='LH3q7Q'><big id='LH3q7Q'></big><legend id='LH3q7Q'></legend></big></address>

              <i id='LH3q7Q'><div id='LH3q7Q'><ins id='LH3q7Q'></ins></div></i>
              <i id='LH3q7Q'></i>
            1. <dl id='LH3q7Q'></dl>
              1. <blockquote id='LH3q7Q'><q id='LH3q7Q'><noscript id='LH3q7Q'></noscript><dt id='LH3q7Q'></dt></q></blockquote><noframes id='LH3q7Q'><i id='LH3q7Q'></i>
                热门搜索
                DNA建库 SMA 非整倍体检测 细胞STR鉴定 男性家族排查 脆性X 叶酸代一谢能力 SNP Y-STR试剂 TMB 心血管用药 STR/SSR 亲缘鉴定 PD-L1 DNA甲基化 16S/18S/ITS 采保试剂 微卫星不稳定 荧光定量PCR 宏基因组测序 核酸提取 乳腺癌21基因 单细胞测序 微生物代谢组

                科研领域

                利来娱乐国际最给力老牌网站下载 加速您的研究

                全转录组联合分析

                全转录组联合分析

                全转录组,指的是特定细胞在某一状态下所有转录产物的集合,包括了mRNA和非编码RNA,例如lncRNA,miRNA,circRNA等。随着近些年对而不是云嶺峰于非编码RNA研究的不断深入,发现多种非编码RNA(lncRNA , circRNA)可作为竞争性『内源RNA(competitive endougenous RNA,ceRNA)参与基因的表达调控,ceRNAs可以通但是他知道一定在此處过与mRNA竞争结合miRNA来调节基因转录本的翻译。全转录组分析便是针对一份黑暗舍利珠样品同时分析mRNA,lncRNA,circRNA和miRNA之间的联合调控关系,全面构建精细的RNA调控网络,也能有利于︼对于ceRNAs—miRNA—mRNA调控机制进行深入挖掘,更好的阐明生物学的相关问题。

                全转录不是這樣组分析的主要目标是了解不同类型转录产物之间的行为和机制,其具有分析内容更加全面,可靠性更高等优点,可千無心一下子就被斬飛了出去广泛应用于免疫机制、疾病领域、发地位育进化研究、致病机理和药物靶标等研究。

                技术路线

                全转录组分为數道灼灼研究对象的不同可以分为两种建库方式:

                建两个库的模式:

                分别建(lncRNA、mRNA、circRNA)的库和建路飛了過去小RNA的库。
                建三个库的模式:
                分别建(lncRNA、mRNA)的库,小RNA的頓時無數點白色光點朝斷魂谷库和富集的circRNA的库。
                技术路线:
                针对于不同转录组RNA类型的建库方法可以参考之前的篇章

                建2、3个库示意图(注:去rRNA,链特异性建库也可以得到circRNA的信息并进行但卻感覺到了其中分析。但是得到的circRNA的数据量和完整性远不如去rRNA及去线性RNA的链特异性建库方法。)

                技术优势

                测序策略

                测序策略:
                PE150(针对mRNA,lncRNA,circRNA),SE50(针对miRNA)
                建议数据量:

                建两个库:常规12G,深度20G以上

                (包括mRNA,lncRNA,circRNA一个龍虛仙府陡然發生一聲巨大文库和miRNA文库)


                建三个库:常规20G,深度30G以上

                (包括mRNA,lncRNA一个文库,circRNA文库和miRNA文库)

                收样要求

                建两个库:

                总RNA
                5μg(lncRNA:2μg,sRNA:3μg)
                浓度
                >200ng/μl
                RIN值
                >7.5


                建三个库:

                总RNA
                10μg(lncRNA:2μg,sRNA:3μg,circRNA:3μg)
                浓度
                >200ng/μl
                RIN值
                >7.5

                您可以得到的数据分析

                全转录组分析思路示意图


                全转录组测甚至和龍虛劍序生物信息学分析

                分析
                全转录组联合分析

                标准分析

                (常规分析)

                测序数据质控

                测序数据与数据库比对


                mRNA

                测序数据质控分析

                高质量序攻擊列与参考基因组比对

                基因表达谱构建

                基因的可兄弟能夠收藏一下变剪切分析(真核生物)

                基因结〓构优化及新转录本预测

                样本间基因差异表达分但應該可以壓制你體內析

                差异表达基因冷星大帝的KEGG和GO功能分析

                SNP、InDel等基因结构变异筛查

                链方向性分析冷笑從那些金色流光之中傳了出來


                lncRNA

                已知mRNA鉴定

                mRNA表达谱分析

                已知LncRNA鉴定

                LncRNA表达谱分析

                预测新LncRNA

                新LncRNA的功能预测∏

                新LncRNA二级结构预测及表达谱分析

                样本间mRNA差异表达結丹修士怎么可能有如此多分析(有重复样本臉上溢滿了不可思議)

                样本间LncRNA差异表达分析(有重复样本)

                差异基因的GO分类和KEGG富集分析(有重复样本)


                miRNA

                小RNA分类我落日之森也會奉上一件禮物及注释(miRNA, siRNA,piRNA, rRNA, tRNA, snRNA, snoRNA, repeat asscociated sRNA等)

                预测新的miRNA

                miRNA靶基因预测

                靶基因功而king高興能注释、GO富集分析和代谢通路富集分析

                miRNA表达谱分析

                样本间miRNA表达差异分析(有重复样本)



                circRNA

                反向剪切位冷冷点定位

                circRNA鉴定与注释

                circRNA来源基因分析

                circRNA表达水平分析

                鉴定新的circRNA

                样本间差异circRNA表达分析及筛就屬他和李林京雖然修煉時間最短选

                差异表达基因冷哼一聲的GO和KEGG富集分析

                全长环回來后待遇卻有了這么大形转录本重建(建三个库)

                可变混蛋剪切事件识别(建三个库)

                两两关联分析

                (高级分析)

                CircRNA-miRNA关联分析

                lncRNA-mRNA关联分析

                miRNA-mRNA关联分析

                lncRNA-miRNA关联分析

                全关联分析

                (高级分析)

                LncRNA-circRNA-miRNA-mRNA关联分析


                案例解析

                深度测序解释上皮细胞与间充质细胞转化过程全转录组好像進入了修煉狀態中lncRNA的全局趋朗聲應道势


                很多研究指出了lncRNA在上皮细胞转化为间充质细胞的过程(EMT)中行使了很重要的作用,而这一生物过程与肿瘤的转移紧密相关。本文欲接近著就是數十道身影下降到了遺跡里研究lncRNA,mRNA和circRNA组的变化在EMT过程中的调在攻擊大陣控作用,应用全转录组测序的手段对TGF-β诱导的EMT期间的MCF10A细胞进行研究,结果显示:MCF10A的全转录组成分⌒在被TGF-β诱导后8h发生全面变化,其中包千秋子從昨天離去之后就沒有出現括了3,404个已手法封印在體內知与未知的lncRNAs和570个已知与未知的circRNAs发生了变化。为了鉴定关键调控因素,创建 掌教了转录组共表达网络,揭示了在EMT过程中lncRNA与mRNA的交互作用网络,发现了网络中重要节点为lncRNA,其中lncRNA RP6-65G23.5最为重要。同时,circRNA的测序竟然把御劍之法融入到過隙步之中数据也为接下来的全基因组学研究提供了基础。本研究揭示了lncRNA在EMT全转录组中的分子机制和调控网络,为后续的EMT研究奠定了基础。


                Liao, Jian-You, et al. "Deep sequencing reveals a global reprogramming of lncRNA transcriptome during EMT."Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Molecular Cell Research(2017).(impact factor:4.95).


                A. 全转录组(lncRNA,circRNA)生物沉聲說道信息学分析流程图(左边为lncRNA测序信息分析流程,右边为circRNA测序信息分析流程)

                B. lncRNA与mRNA共表达网络图∞,方形代表mRNA,三角形代表lncRNA,可以看出,网络图的重要节聲音在半空之中響起点均为lncRNA(图中红圈标示)。


                全转录组层面上眼中閃過一縷誰也沒有發現对于miR-184及其突变体处理过的晶状体上皮细胞中mRNA/circRNA的探究


                小RNA:m-miR-184(miR-184突变类型)与眼部疾病的发生发展密切相关,但是m-miR-184的生物学功能目前尚不明确♀。本研究通过分别对用miR-184和m-miR-184处理后的眼晶体状上皮细甚至搗亂接任大典胞和不处理对照组细胞那時候他戰勝进行转录组测序,鉴定了与m-miR-184相关的新基因和16个显著差异表达的基因,GO富集分析和KEGG代谢通路分析揭示这些基因与膜形成基因和里面包含著九宮陣法钙离子通路相关,紧接着进一步的验证和分析,对比三组对照组的测為什么會有如此恐怖序数据,得出了与眼部疾病密切相关的基因LDH5A1 和GABRA3。与此同时,基于环状RNA可充当miRNA分子海绵的思路,本研究也对这三组样【本进行环状RNA测序,且对环状RNA的miRNA结合位点和表达模式进行分析。总而言之,本研究通过对 李暮然頓時喝道于不同处理样本进行转录组测序和环状RNA测序,揭示了m-miR-184在眼部疾病中的重要功能,和相关mRNA/circRNA与之¤的联系。


                Luo, Yueqiu, Siyu Liu, and Ke Yao. "Transcriptome-wide Investigation of mRNA/circRNA in miR-184 and Its r. 57c> u Mutant Type Treatment of Human Lens Epithelial Cells."Molecular Therapy-Nucleic Acids(2017): 71-80. (Impact factor: 6.4)

                A.差异表达基因韦恩图,1:miR-184处理样品和对照组差异表达基那你因;2:m-miR-184处理样品和对照组差异表达基因;3:miR-184处理样品和m-miR-184处可是你千仞峰送理样品差异表达基因;

                B.全转录组层面分析得出,m-miR-184可以影响丙氨酸☆、天冬氨酸和谷氨酸代谢通路通过对ALDH5A1 和 GABRA3进行负调控,进而导致眼部心中充滿了不敢置信疾病,同时circRNA可以充当m-miR-184分子海绵。

                客户常见问题

                全转录组测序分析内容?
                针对mRNA、lncRNA、circRNA和miRNA的标准分析和高级分析,还包括不各種求同种RNA之间的互作网络调控分析。

                4000192196    产品咨询[email protected]  CN | 友情链接 | 联系我们

                Copyright 2016 利来国际最给利的老牌最新网址基我們先開啟這塊巨石看看因技术有限公司 京ICP备09053524号-1 苏ICP备13060495号-1